법인세 경정청구, 한 번 선택한 손금산입 못 되돌립니다

안녕하세요. 국내 10위권 대형로펌 법무법인 동인 구성원변호사, 사법시험 52회(사법연수원 42기) 변호사 김경인입니다. 학교법인, 의료법인, 재단법인 같은 비영리법인들이 결산 때마다 마주하는 선택지가 있습니다. 고유목적사업준비금을 손금(=세금 계산에서 비용으로 빼 주는 항목)에 넣을 것인지, 아니면 수입배당금 익금불산입(=배당으로 받은 수입을 과세소득에서 빼 주는 혜택)을 적용받을 것인지의 갈림길입니다. 두 혜택은 함께 쓸 수 없어 하나를 골라야 합니다. 나중에 계산해 보니 다른 쪽이 유리했다며, 아차 싶은 마음에 선택을 되돌리려는 분쟁이 이어져 왔습니다. 2026년 5월 대법원 판결(대법원 2022두38199)은 결산에 반영해 손금산입한 선택은 소급 철회도, 이를 근거로 한 경정청구도 할 수 없다고 정리했습니다. ## 두 혜택은 왜 하나만 골라야 하나요 고유목적사업준비금은 비영리법인이 장차 고유목적사업(=설립 취지에 맞는 본연의 사업)에 쓸 돈을 미리 쌓아 두면 그만큼을 손금으로 인정해 주는 제도입니다. 수입배당금 익금불산입은 법인이 받은 배당수익 일부를 과세 대상에서 제외해 주는 제도입니다. 그런데 법령은 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리법인을 익금불산입 특례 대상에서 제외합니다. 대법원은 이번에 그 경계를 분명히 했습니다. 준비금을 실제로 손금에 산입하지 않았다면 익금불산입 특례를 적용받을 수 있습니다. 다만 지출한 금액의 일부라도 준비금으로 실제 손금에 산입했다면, 나머지 수입배당금에 대해서도 특례를 적용받을 수 없습니다. 일부만 걸쳐 두는 것도 안 됩니다. 선택은 전부 아니면 전무에 가깝습니다. ## 왜 되돌릴 수 없나요 — 결산조정사항 핵심 개념은 결산조정사항입니다. 고유목적사업준비금은 법인이 결산에 반영해 손금으로 계상했을 때만 손금으로 인정되고, 결산에 넣지 않았으면 인정되지 않는 항목입니다. 어느 쪽을 고를지는 전적으로 법인의 선택에 달려 있습니다. 대법원은 바로 그 선택의 성격 때문에, 일단 결산에 반영해 손금으로 계상한 이상 나중에 마음을 바꿔 소급적으로 철회하는 것은 원칙적으로 허용되지 않는다고 판단했습니다. 그 사업연도에 계상할 준비금에서 지출한 것으로 보게 되는 경우에도 같습니다. 이미 낸 세금을 돌려 달라는 경정청구(=신고를 바로잡아 세금을 돌려받는 절차)를 그 철회를 내세워 하는 것도 불가능하다고 보았습니다. 저는 이 결론이 세무 실무에 주는 신호가 분명하다고 생각합니다. 결산서에 찍힌 숫자는 전략의 결과이지, 나중에 고쳐 쓸 초안이 아니라는 것입니다. ## 결산 전 무엇을 점검해야 하나요 — 세 개의 관문 비영리법인 결산 담당자라면 순서를 이렇게 잡으시기 바랍니다. 먼저, 올해 배당수익 규모와 고유목적사업 지출 계획을 나란히 놓고 두 혜택의 절세 효과를 각각 계산합니다. 다음으로, 준비금 손금산입을 택할 경우 일부 산입만으로도 익금불산입 전체가 막힌다는 점을 반영해 시뮬레이션을 보수적으로 다시 돌립니다. 마지막으로, 결산 확정 전에 외부 세무 전문가의 검토를 거쳐 선택을 문서로 남깁니다. 번거롭게 느껴지실 수 있지만, 결산이 확정되면 되돌릴 기회는 사실상 없기 때문입니다. 이번 판결의 요점을 정리합니다. 첫째, 준비금 손금산입과 수입배당금 익금불산입은 병행할 수 없고 일부 산입도 전체 차단 사유가 됩니다. 둘째, 결산에 반영한 선택은 소급 철회가 원칙적으로 불가능합니다. 셋째, 그 철회를 근거로 한 경정청구도 받아들여지지 않습니다. 선택 전의 계산이 선택 후의 소송보다 훨씬 쌉니다. 결산 시즌이 오기 전에 검토를 마쳐 두시기 바랍니다. 본 글은 일반적인 법률 정보를 담고 있으며, 구체 사건은 사실관계에 따라 결과가 달라질 수 있습니다. 개별 사안은 변호사 상담을 권합니다. #법률상담 #변호사상담 #민사소송 #법무법인동인 #김경인변호사